История начинается через три года после финала Ys II: Ancient Ys Vanished — Final Chapter, когда главный герой Адол Кристин вместе со своим другом Доги возвращаются в свой родной город Редмонт из путешествия в
казино Гизбо. Возле въездных ворот они спасают Елену, подругу детства Доги, на которую нападают дикие звери. Достигнув места, молодые воины слышат сообщения об атаке демонов, базирующихся в соседней шахте. Адол отправляется очищать подземные туннели от опасности, не зная, что за всем наблюдает Гальбалан — древний демон, некогда побежденный легендарным воином Геносом, который восстанавливает свою силу и планирует переродиться.

Механика игры основана на ранее выпущенной Ys: The Ark of Napishtim. Вместо предметов для лечения и улучшения характеристик игрок теперь пополняет HP с помощью флаконов с зельями, падающих с врагов, и получает временные бонусы к опыту за выполнение более длительных непрерывных серий атак. Эти баффы со временем теряют силу, но их можно поддерживать во время непрерывного и быстрого боя.

Во время исследования Адол может прыгать, атаковать мечом, использовать различные типы заклинаний и защищаться щитом. Благодаря кристаллам, которые он находит в последующих локациях, он также может заряжать более мощные версии уже известных заклинаний. Например, вместо стандартного огненного шара он стреляет большим взрывающимся снарядом. После каждого возвращения в город найденные деньги можно потратить на покупку более мощного оружия, прочной брони или тяжелых щитов.